Este deporte es uno de los más arraigados en el Club Universitario y uno de los que más satisfacciones le brindó a sus socios y dirigentes. Al comienzo tuvo un desarrollo paralelo al Water Polo y fue de los primeros que se practicaron. En agosto de 1921 (tres años después de nuestra fundación) el Boletín informaba sobre un campeonato organizado por la Federación Argentina de Natación en el que CUBA estuvo representado por Luis Cárdenas y Juan Madero. Cárdenas se clasificó campeón de conjunto. Y en Water Polo, en ese mismo torneo CUBA fue campeón nacional de la mano de A. Zúñiga, J. Sánchez, R. Biquard, L. Cárdenas, F. Rabino, S. y C. Vásquez y J. Semino. Ese mismo año el Club también se impuso en un torneo organizado por Gimnasia y Esgrima de Rosario. Y en Water Polo venció a Neptuno, en Montevideo. En el período 1923/4 se registran dificultades para nadar en piletas adecuadas pero igualmente Mario G. Benítez Cruz se clasifica Campeón Nacional de 100 mts. espalda. En las pruebas abiertas de la YMCA, H. Biquard gana los 80 mts. libres y F. Uriburu la de 100 mts. libres. También CUBA triunfa en un Campeonato de Water Polo juniors.
1927/28: Se inaugura la pileta de Viamonte 1560. CUBA triunfa en el Campeonato Nacional de Novicios y se coloca "en uno de los puestos más destacados dentro del deporte". Francisco Uranga, capitán del equipo representativo es la figura sobresaliente del Club
1929/30: CUBA es Campeón Nacional en seniors. En ese torneo Uranga resulta campeón de 100, 200, 400, 800 y 1500 mts. libres. Guillermo von Werniche es campeón de 200 mts. pecho y Juan A. Arias es campeón en 100 mts. espalda. La posta del Club ocupa el 2° lugar. En el Nacional de novicios y juniors, realizado en River Plate y Obras, CUBA se clasifica 1° en postas 4 x 100 novicios con el equipo integrado por R. Grigera, G. Benítez Cruz, S. Milberg y R. Guilluy. En juniors G. V. Werniche resulta campeón en 100 y 200 mts. pecho y J. A. Arias en 100 mts. espalda. Ese año se conquistan campeonatos organizados en Sportivo Barracas, Obras Sanitarias, San Isidro, Racing, Quilmes, Gimnasia y Esgrima y Club Argentino de Natación. En Water Polo CUBA se consagra Campeón Nacional de 2° división, con el equipo conformado por H. Valenzuela, J. C. Darré, P. de Corral, A. Tesier, J. Y A. Mendez Trongé y S. Vásquez.
1931: los nadadores del CCU ganan el Campeonato de Water Polo de 3° división. Se destacan Leopoldo Tahier y José Enrique Bruchou, quien bate el récord sudamericano de 100 mts. pecho.
1932/33: Leopoldo Tahier y Carlos R. Kennedy representan al país en la 10° Olimpíada Mundial, en la cual representa a los cadetes Enrique Bruchou. En este año, CUBA es campeón absoluto en juniors y seniors.
1933: gana Tahier los 200 mts. seniors y baja la marca del minuto en 100 mts. libres.
1933/34: El equipo de posta del Club bate el récord sudamericano de 4 x 100 mts. libres. Los del CCU se inclinan por la natación en tanto los veteranos prefieren el Water Polo.
1935/36: surge la figura de Jorge Christensen, vencedor en tiempo récord de los campeonatos nacionales de novicios, en 100 mts. libres y juniors en 200 mts. del mismo estilo.
1935: En el Campeonato Sudamericano disputado en Río de Janeiro, Guillermo Panelo gana los 100 mts. libres y Leopoldo Tahier integra junto a Panelo la posta de 4 x 100 que ganan.
1937: CUBA se adjudica brillantemente el Campeonato de conjunto para nadadores seniors. En tanto, Guillermo Panelo y Horacio Billoch Caride, junto a los cadetes Milberg y Zucal representan al país en el V Campeonato Sudamericano realizado en Perú. Es una época de múltiples triunfos para nuestro Club.
1938: Numerosos socios representan a la Argentina en el Primer Torneo Panamericano.
1939: Designan a A. y E. Ocampo y M. Alurralde para participar en el Campeonato Sudamericano, en tanto ellos mismos y Eduardo Palacios son designados para el 2° Campeonato Rioplatense.
1940: Alberto Becerra, Ernesto Ocampo y Mariano Alurralde concurren al Sudamericano en chile.
1941/43: Mariano Alurralde es campeón argentino de 400 y 1500 mts. libres en seniors y Ernesto Ocampo vence en los 100 mts. espalda. Se incorpora al Club el destacado nadador Federico Neumayer.
1944: Neumayer, Durañona, Yantorno y Lingelfelder integran el equipo que conquista el récord mundial de la posta 4 x 100 libre.
1947: Neumayer y Fisjalkauskas concurren a la Olimpíada de Londres. En campeonatos nacionales se destacan E. Palacios, E. Pavlovsky y A. Trabuco.
1948: Pavolvsky es designado para el Sudamericano en Montevideo.
1949: Pavlovsky y Fisjalkauskas designados para los Juegos Deportivos Panamericanos.
1951: Marcelo Trabuco participa en Olimpíada de Helsinski y R. Mertz es designado para el Sudamericano de Lima.
Luego llega la intervención del Club, oportunidad en que los nadadores dejan de representar al Club pero continúan compitiendo en un club que fundan con las mismas iniciales de nuestra entidad: el Club Urú de Buenos Aires.